Sina tidigaste manskörer skrev Alfvén i seklets allra första år, och av dem har bl. a. ”Friheten” till biskop Thomas’ kända frihetssång från 1400-talet och ”Här är landet” (Wilhelm Nordin) införlivats med den levande repertoaren; av övriga manskörer från samma period är främst Stagnelius-tonsättningen ”Lugn i tron” värd att nämnas. Men det var först när Alfvén blev den även internationellt uppburna Uppsala-kören Orphei Drängars (OD) ledare 1910 och dess ”huskomponist” med den gripande ”Gustaf Frödings jordafärd” (Verner v. Heidenstam) 1911, som han verkligen inriktade sig på detta medium och utvecklade en konstnärlig medvetenhet som få manskörstonsättare före honom. Alfvén ansåg, att även manskörsången borde kunna hållas ständigt aktuell för att adekvat svara mot nutidsmänniskans yttre och inre livserfarenheter.

Till den långa raden av musikaliskt vägande och körmässigt betydelsefulla manskörsstycken hör den dynamiska ”Gryning vid havet” (Sten Selander), där kören avsiktligt och verkningsfullt användes som en ”vokalorkester”, de serenadbetonade ”Min kära” (Sten Selander) och ”Lindagull” (Bertel Gripenberg), den djupt allvarliga och dunkelt färgade ”Vaggvisa” (Erik Blomberg) och den schwungfullt humoristiska ”Tattare-Emma” (Jeremias i Tröstlösa), och redan de korta epiteten ger en aning om bredden hos det Alfvénska körregistret – till detta kommer vidare ett stort antal patriotiska hymner och festsånger av olika slag av visserligen ytterst blandad kvalitet men alltid synnerligen omsorgsfullt gjorda.

För den blandade körens större och mer varierande klangfärgsspektrum hade Alfvén enligt egen utsago egentligen ännu större intresse, allt hans epokgörande arbete för OD och som förbundsdirigent inom Svenska Sångarförbundet till trots. Av de många sångerna för blandad kör skall här endast erinras om de två naturimpressionerna ”Stemning” (J. P Jacobsen) och ”Aftonen” (Herman Sätherberg), som båda genom sin nordiskt lyriska 1800-talston tydligare än de flesta av tonsättarens senare verk avslöjar hans aldrig övergivna musikaliska hemhörighet. Här må också tilläggas, att Alfvén skrev huvudparten av sina körsånger för såväl blandad kör som manskör (oftast tillkom de båda versionerna praktiskt taget samtidigt), och så är förhållandet med de flesta av hans bekanta folkvisebearbetningar.

Körverk med orkester upptar en betydande del av Alfvéns opuslista, och även om de flesta kompositionerna är av tillfällighetskaraktär har de på sitt sätt bildat epok. Omedelbart efter framgången med andra symfonin vid uruppförandet 1899 fick Alfvén beställning på en ”Sekelskifteskantat”, och under 1900-talets första decennier gick nästan alla större kantatuppdrag av mer offciell i natur till honom; några av kantaterna är dessutom skrivna inom hans tjänst som director musices vid Uppsala Universitet 1910-39.

Som de främsta av Alfvéns körverk brukar räknas ”Uppenbarelsekantat” till invigningen av Uppenbarelsekyrkan i Saltsjöbaden 1913, ”Reformationskantat” till Luther-minnet i Uppsala 1917, ”Universitets-kantat” till Uppsala Universitets 450-årsjubileum 1927 och ”Riksdagskantat” till Sveriges Riksdags 500-årsjubileum 1935. Utanför raden av beställningsverk står det originella oratoriet ”Herrans bön” över ett avsnitt ur Stagnelius’ skådespel ”Martyrerna” (1900-01), som vid sidan av djup inlevelse i den romantiskt färgrika dikten vittnar om det överlägsna kontrapunktiska handlag, som Alfvén lärt av sin beundrade lärare Johan Lindegren.

Stränga polyfona former återkommer även i flera kantatsatser liksom – som nämnts – i symfonierna och bl. a. också i en allför litet beaktad körmotett, ”Väktare på Sions murar” (1914), och vid sekelskiftet ansågs Alfvén rent av som en i första hand teknisk ”lärd” och högst allvarlig ung tonsättare, som alltför mycket lät dysterhet och grubblande ta överhanden i sin musik. Det påstås till och med, att det var en beskyllning för att Alfvén saknade humor, som utlöste komponerandet av ”Midsommarvaka”, där sedan just polyfona inslag visar sig vara en avgörande ingrediens i den humoristiska grundkaraktären! Eljest överväger i kantaterna liksom i de flesta separata körvisor en homofon, ackordisk faktur, som bygger på en högt utvecklad uttrycksharmonik och ett osvikligt sinne för körstämmornas inbördes balans.

Att Alfvéns körmusik alltid är ytterligt ”körmässigt” tänkt, har också en rent praktisk orsak. Liksom OD:s nästan professionella kapacitet frestade honom till ovanliga klangverkningar i flera av manskörssångerna, har Siljanskören, som tillkommit genom sammanslagning av kyrko- och hembygdskörer som han ledde i mer än ett halvsekel (1904-57!), klart påverkat hans stämföringsteknik i sångerna för blandad kör och i folkvisearrangemangen.

Men mångsidigheten i Alfvéns produktion är inte uttömd med detta. I sin ungdom var han en betydande violinist, som av sina lärare rent av förutspåddes en internationell solistkarriär, och han har komponerat en dramatiskt laddad och romantiskt uttrycksfull sonat och en romans för sitt instrument – Alfvén var 1890-92 anställd som violinist i Hovkapellet, och sonaten, som han själv uruppförde 1896, räknade han som sitt ”opus 1”.

Än mer betydelsefulla men med få undantag relativt obeaktade är hans romanser, där de populära men musikaliskt (och även textligt) mycket ojämna sångerna till dikter av Ernest Thiel (två samlingar, op. 28 och op. 32) kommit att ställa åtskilligt starkare ting orättvist i skymundan. Även om Alfvén har svårt att undvika ett visst deklamatoriskt patos också i sina mer intima romanser, visar han ofta en ovanlig atmosfär- och skiftningsrikedom i både sångstämma och ackompanjemang, och inte minst pianostämmorna till de alltid vokalt välskrivna sånglinjerna är känsligt och varsamt utformade.

Till de främsta av Alfvéns sånger hör de tre Österling-romanserna ”Bön”, ”Pioner” och ”Minnesskrift” från 1905, vidare ”Marias sånger” (Emil Aarestrup, 1903-04) samt några separata stycken som ”I bruset” (Birger Mörner, 1920), ”I stilla timmar” (Jarl Hemmer, 1940) och ”Saa tag mit Hjerte” (Tove Ditlevsen, 1946). Beaktansvärda ting finns också i tidigare samlingar som ”Tio sånger”, op.4, Ellen Lundberg-sångerna, op. 8 (med den populära ”Sommardofter”) och Forsslund-visorna op. 9, samtliga från 1890-talet. Den allra finaste vokalkompositionen torde dock vara tonsättningen av Oscar Levertins ”En båt med blommor” för baryton och orkester (1925), där diktens skönhetsvisioner, kärleksdrömmar och förgängelsetankar vävts in i ett havssceneri, som Alfvén tecknat med rent impressionistisk klangfantasi och subtilt sparsmakad instrumentation.

Alfvén har dessutom skrivit bl. a. ytterligare en balett, ”Den förlorade sonen” (över dalmålningsmotiv, 1956), där han infogade sina redan mycket populära ”Roslagsvår” och ’Roslagspolketta”, och musik till några skådespel. Mest bekant av dem är musiken till Ludvig Nordströms Gustav Adolf-festspel ”Vi” (1932), som på konsertaffischer vanligen annonseras som ”Gustav II Adolf-sviten” och som innehåller inte bara den välkända ”Elegi” utan också bl. a. den stora ”bataljmålningen” ”Breitenfeld” och några elegant pastischartade danssatser, ”Sarabanda”, ”Bourre” och ”Menuett”.

Alfvén komponerade också vid några tillfällen framgångsrik filmmusik: till ”Synnöve Solbakken” 1934, ”Mans kvinna” 1945 och ”Singoalla” 1949 och ur musiken till de två förstnämnda sammanställde han ofta spelade konsertsviter. Av hans många smärre tillfällighetsstycken för orkester, där ”Festspel” tillkom för Dramatiska teaterns invigning 1908, må nämnas ”Drapa” till minnet av Oscar II (1908), elegin ”Vid Emil Sjögrens bår” (1918) och ”Festouverture” till första konserten i Malmö nybyggda teater- och konserthus 1944, och till hans visserligen ganska tidsbundna men långt ifrån obetydliga pianomusik hör bl. a. ”Skärgårdsbilder” (1901-02), ”Sorg” (1901) och ”Nocturne” (1911).

Alfvéns utsökta notskrift har blivit legendarisk – flera av hans verk är tryckta direkt efter manuskripten – och han tvekade i sin ungdom också länge mellan måleriet och musiken. Han hörde till den 90-talets konstnärsgeneration, som i sin tekniska behärskning och med sin folkligt präglade stil hade gåvan och förmånen att som knappast någon senare nå ut till alla kategorier av människor, kännare såväl som ”vanliga” lyssnare. Däri ligger en inte obetydlig del av hans storhet, en storhet som bara tycks öka, ju fler man lär känna av hans väsentliga verk och ju mer man lär sig lyssna till och förstå människan bakom dem.